Kościół oo. Jezuitów to jedno z najstarszych miejsc sakralnych po lewej stronie Warty.
W 1244 r. książę Przemysł I postanowił ufundować klasztor Dominikanów. Biskup poznański Paweł zaprosił niedawno powstałych ojców Dominikanów i ci zbudowali nowy kościół gotycki, czynny od 1253r. Miał wydłużone prezbiterium i dwie nawy.
W 1698 r. powódź zniszczyła filary świątyni i ojcowie Dominikanie zwrócili się do architekta Jana Catenazziego, który ukończył właśnie budowę kościoła Jezuickiego (dziś kolegiata farna), z ofertą odbudowy ich świątyni. Architekt odbudował nawę kościoła w stylu barokowym. Huragan w 1725 r. zerwał dachy i sklepienia, a w 1803 r. z powodu pożaru runęło gotyckie sklepienie krzyżowe prezbiterium, w jego miejscu założono drewniane, kolebkowe z lunetami. Kościół odbudowywano do 1814 r.
W czasie zaborów w 1834 r. rząd pruski wypędził Dominikanów a ich klasztor w większości rozebrał, budując w tym miejscu arsenał. Kościół i kaplica pozostawały pod opieką dwóch wikariuszy. 22 grudnia 1920 r., na polecenie kardynała Edmunda Dalbora, kościół i kaplicę wraz z resztkami klasztoru przejęli ojcowie Jezuici, gdyż Dominikanie nie dysponowali środkami na ich zagospodarowanie.
W czasie okupacji kościół i kaplicę władze zamieniły na magazyny wojskowe.
W latach 70. tych XX wieku, przez ponad sześć lat trwał wielki remont kościoła, w czasie którego prezbiterium odsłoniło swe pierwotne gotyckie formy, okna w nawie wróciły do pierwotnych barokowych rozmiarów a belkowanie całkowicie opasało jej przestrzeń. W całym kościele przeprowadzona na dużą skalę wykopaliska archeologiczne. Odświeżono też rzeźbione, manierystyczne pozostałości stall w prezbiterium.